El órgano de Dirección del Fondo de Compensación Ambiental es un Comité conformado por cinco (5) miembros, el cual orienta y toma las decisiones relacionadas con la administración del Fondo (art. 24 Ley 344/96):
- Dos representantes del Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial (Preside el Ministro o Viceministro de Ambiente y Director de Planeación, Información y Coordinación Regional).
- Un representante de la Dirección de Desarrollo Urbano y Política Ambiental del Departamento Nacional de Planeación.
- Un representante de las Corporaciones Autónomas Regionales.
- Un representante de las Corporaciones de Desarrollo Sostenible

Cuenta con una Secretaría Técnica que le presta apoyo administrativo y técnico para el desarrollo de las diferentes actividades propias de la operación del mismo que es ejercida por la Dirección de Planeación, Información y Coordinación Regional del MAVDT, con el apoyo de las Unidades Técnicas y el área financiera del Ministerio.
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